一、自動投案的認定。

《意見》中規定：“犯罪事實或者犯罪分子未被辦案機關掌握，或者雖被掌握，但犯罪分子尚未受到調查談話、訊問，或者未被宣布采取調查措施或者強制措施時，向辦案機關投案的，是自動投案。”為了自首便利，法律規定任何犯罪分子均可以向公安機關、檢察院或者法院投案，無論接受投案的機關是否有管轄權，均有義務接受投案且將該案移送至有管轄權的機關。

二、犯罪嫌疑人交代的犯罪事實究竟是未被辦案機關“所掌握”，還是辦案機關“已掌握”。

這一問題有時在審查起訴階段難以判斷，其中很重要的一個原因是偵查部門的某些違規行為掩蓋了事實真相，為正確認定自首增加了難度。

三、行為人對于司法機關已掌握的事實，在行政監察機關主動交代的行為是否成立自首。

對這一問題目前有兩種觀點：一種觀點認為，犯罪嫌疑人在行政監察機關如實交代自己未被行政監察機關所掌握的罪行的，如果符合自首的兩個法定條件，即應當認定為自首。另一種觀點認為，在行政監察機關調查談話、采取調查措施期間，交代司法機關已經掌握的線索所針對的事實的，不能認定為自首。

四、單位自首的認定。

認定單位自首主要把握兩點：一是單位意志的體現。二是單位自首效果是否能及于個人。單位自首的，而直接負責的主管人員和直接責任人員未自動投案，由于行為人沒有投案的自動性，則對其行為不能認定為自首。

五、概括性自首的認定。

概括性自首是指犯罪嫌疑人在向司法機關承認自己實施多起犯罪行為，但是由于某些客觀因素無法準確地供述所有犯罪細節，只能概括性地供述大體的犯罪行為，但提供了較為具體、清晰的案件線索供司法機關偵查，并最終查證屬實的自首行為。

六、對追繳贓款贓物的自首認定。

貪污賄賂犯罪案件中犯罪所得贓款贓物是構成犯罪的關鍵要素之一，認定自首時必須要考慮贓款贓物追繳的問題。犯罪嫌疑人在偵查階段被訊問時，出于不舍之心，往往對犯罪所得的贓款贓物有所隱瞞，拒不交代其去向，所以犯罪嫌疑人雖有主動投案之舉，但故意隱瞞贓款贓物去向的供述，算不上“如實供述”，不能認定為自首。但是對于因客觀原因確實無法交代出贓款、贓物真實下落，如自己沒有直接經手，只要其交代出有關真實線索，可供辦案機關查證的，仍然應當認定其如實供述了自己的主要犯罪事實。